Боярин с 1585 г., Ф.Н. Романов в 1580-х гг. был лоялен Борису Годунову, но после падения Шуйских остался его единственным соперником. После смерти царя Федора Иоанновича в 1598 г. Ф.Н. Романов, двоюродный брат усопшего, стал претендовать на престол. 26 октября 1600 г. все пять братьев Никитичей были арестованы по обвинению в намерении извести царя Бориса, в ходе следствия подверглись пыткам и в июне 1601 г. отправлены с семьями в ссылку. Федор был сослан в Антониев-Сийский монастырь, а его жена - в Заонежские погосты, и оба пострижены, он - под именем Филарета, она - Марфы.

В 1605 г. Лжедмитрий Первый освободил Филарета Романова из ссылки и возвел в сан митрополита Ростовского. Василий Шуйский, придя к власти, отослал его в свою епархию, и Филарет оказался на периферии политической жизни. В 1608 г., когда Ростов захватили войска Лжедмитрия Второго, он пленником был доставлен в Тушино. Самозванец принял его милостиво и сделал "нареченным патриархом Московским". Филарет стал одним из политических руководителей Тушинского лагеря, но занимал осторожную позицию, так что в Москве в нем видели скорее пленника, чем сообщника Тушинского вора. В марте 1610 г. Филарет был "отполонен" у тушинцев, вернулся в Москву, а уже в сентябре 1610 г. был поставлен во главе посольства Семибоярщины к Сигизмунду Третьему. После отказа подчиниться требованиям поляков Филарет был заключен в замок Мальборк (Мариенбург) в Пруссии, где пробыл до 1619 г.

Вернувшись, после заключения Деулинского мира, в Россию отцом уже царствующего государя, он был избран патриархом Московским и всея Руси и фактически правил страной. Талантливый политик, умный, властный, волевой, к тому же "мнительный и опальчивый", Филарет стал официальным соправителем сына с титулом великого государя. Коронованный сын не смел перечить отцу; известен случай, когда патриарх за несогласие ударил его посохом при боярах.
Занимался Филарет и государственными, и церковными делами. При нем в церкви стало больше порядка и спокойствия (выступал против насилия и мздоимства, нравственной распущенности). В церковных делах Филарет обратил особое внимание на исправление и печатание богослужебных книг. Возобновленная в 1620 типография на московском старом печатном дворе (на Никольской улице) выпустила при Филарете беспрецедентное для Великороссии количество часословов, требников, евангелий и других изданий, которые подвергались тщательной корректуре в специальной "правильне". В правке активно участвовал и сам патриарх, написавший также ряд церковных уставов и поучений.

Среди прочих его инициатив - начало Смоленской войны 1632-1634 гг. (с целью взять реванш у Речи Посполитой и вернуть русские земли), в разгар которой скончался - 1 октября 1633 г., - не дожив два года до 80-летия.