С 1814 по 1818 год Погодин обучался в Московской, тогда единственной, губернской гимназии.

После окончания гимназии поступил на словесное отделение Московского университета. В гимназии и в университете Погодин еще более пристрастился к чтению и стал усердно изучать русскую историю, главным образом, под влиянием появившихся в год его поступления в университет первых восьми томов «Истории Государства Российского» Карамзина и девять лет до того изданного начала русского перевода Шлецеровского «Нестора». Эти два труда имели решающее значение в ученых работах и воззрениях Погодина: он стал убежденным поклонником русского историографа и первым и самым ярым из русских историков последователем исторической критики Шлецера и его «норманской теории» происхождения Руси.

В 1821 году окончил Московский университет и преподавал в нем.

В магистерской диссертации «О происхождении Руси» (1825 г.) обосновывал норманскую теорию возникновения русской государственности. Занимался изучением древнерусской и славянской истории, процессов закрепощения русского крестьянства, причин возвышения Москвы. Защитил докторскую диссертацию «О летописи Нестора» (1834 г.). Открыл и ввёл в научный оборот ряд важных исторических источников и памятников русской словесности. Получили известность его "Исторические афоризмы" (1827), в которых он делится с читателем мыслями о предмете и методе истории. В 1846 - 1859 гг. были изданы "Исследования, замечания и лекции М.П. Погодина о русской истории". А в 1871 г. "Древняя русская история до монгольского ига".

 

Примыкал к литературно-философскому кружку «любомудров», в который входили Дмитрий Веневитинов, Иван Киреевский, Владимир Одоевский и другие.
Издавал журнал «Московский вестник» с 1827 по 1830 г.г. Первое время в «Московском вестнике» блестяще была представлена поэзия именами А. С. Пушкина, Д. А. Веневитинова, Е. А. Баратынского, Д. В. Давыдова, Н. М. Языкова, А. С. Хомякова, но с 1828 года Пушкин и его друзья охладевают к «Московскому вестнику», беллетристика вытесняется научными статьями, слишком специальными для широкого круга читателей, журнал теряет подписчиков и прекращает существование. В 1841 - 56 г.г. вместе с С. П. Шевыревым Погодин издает журнал «Москвитянин». Характерное для Погодина утверждение самобытности русской истории, интерес журнала к старине и народному быту привлекают к нему славянофилов, которые периодически выступают на его страницах. Погодин также редактировал первые шесть номеров «Русского зрителя», а с 1837 года «Русский исторический сборник».

Автор повестей «Нищий» (1825), «Как аукнется, так и откликнется» (1825), «Русая коса» (1826), «Суженый»(1828), «Сокольницкий сад» (1829), «Адель» (1830), «Преступница» (1830), «Васильев вечер» (1831), «Чёрная немочь», «Невеста на ярмарке» и других, также исторической трагедии в стихах «Марфа, посадница Новгородская» (1830).

Собрал значительную коллекцию икон, медных и серебряных крестов, различных предметов старины, монет и медалей, оружия, рукописей, старопечатных книг, автографов российских и зарубежных деятелей науки, литературы, искусства, а также государственных, военных, политических, церковных деятелей. Коллекция известна под названием "Древнехранилище".
Большая часть этой коллекции хранится в фондах музеев. Часть собрания была приобретена для Публичной библиотеки в Петербурге и Эрмитажа.

К концу жизни за свой вклад в развитие исторической науки и пропаганду исторического знания он был удостоен многих научных и почетных званий: ординарный профессор, академик, член Московского археологического общества, почетный член Аграмского общества древностей, председатель Славянского благотворительного комитета, член московских обществ истории и древностей российских и любителей русской словесности, действительный статский советник, гласный московской городской думы.

Похоронен в Новодевичьем монастыре в Москве.