При освящении в собор перенесли прах великих князей Ивана Калиты, его сына Симеона Гордого и Дмитрия Донского, а со времен Ивана Третьего здесь хоронили московских великих князей и их родственников мужского пола. Под сводами собора спят вечным сном цари Михаил Федорович - родоначальник династии Романовых, сын его Алексей Михайлович и внуки-цари Федор и Иван. Нашел здесь покой и Иван Грозный с сыновьями - Федором и Иваном, убитым рукою отца. Над ракой святого царевича Димитрия, останки которого перенесли из Углича в 1606 г., высится белокаменная сень, украшенная резьбой. Последним в 1730 г. в соборе похоронили юного Петра Второго - на этом история некрополя закончилась.
При сносе в 1929 г. усыпальницы великих князей и цариц - в кремлеском Вознесенском монастыре - их останки в белокаменных гробах перенесли в подклет Архангельского собора прямо под прах их отцов и мужей. Среди этих захоронений - прах второй супруги Ивана Третьего Софии Палеолог, Елены Глинской, матери Ивана Четвертого, и всех его жен, матери Петра Первого Натальи Нарышкиной.
Всего в соборе 54 погребения, включая раки святых царевича Дмитрия Ивановича и Михаила Черниговского, 46 белокаменных орнаментированных надгробий, бронзовые остеклённые футляры.

К 1917 г. собор обладал богатейшим собранием икон древнего письма. В местном ряду иконостаса 15 - 17 в.в. - особо чтимый образ конца 14 - начала 16 в.в. "Архангел Михаил с деяниями", одна из самых древних на Руси житийных икон небесного воителя, покровителя московских князей в ратных делах. По преданию, образ написан современником Андрея Рублева по заказу княгини Евдокии, жены великого князя Дмитрия Донского.

Собор расписан в 1564 - 1565 г.г., но эти ранние фрески новгородских и псковских мастеров (до нас дошла притча о богаче и Лазаре) сохранились лишь у усыпальницы Ивана Грозного. В 1652 - 1666 г.г. обветшавшую роспись сбили и лучшие живописцы страны во главе с мастерами Оружейной палаты С. Рязанцем, Я. Казанцем, С. Ушаковым, Ф. Зубовым заново расписали стены по предварительно снятым прорисям, повторив иконографию прежних фресок (основная тема росписи - деяния Архангела Михаила).
Самая примечательная часть стенописи - "портретная" галерея (условные образы) погребенных в соборе князей: Ивана Первого Калиты, Дмитрия Донского, Василия Второго Темного, Ивана Третьего, Ивана Дмитриевича и Андрея Ивановича Старицких, Владимира Храброго, Андрея Угличского и др. Великий князь Василий Третий представлен на самом почетном месте - на северо-западном столпе напротив главного входа в храм. На других столпах: в нижнем ярусе - фигуры князей Владимиро-Суздальской Руси, в верхнем - Киевской Руси.

В 1773 г., при попытке архитектора В.И. Баженова возвести в Кремле новый дворец в масонском стиле, стена Архангельского собоа дала трещину: в опасной близости был вырыт большой котлован под фундамент дворца. Дерзкому замыслу, подразумевавшему снос старинных зданий Кремля, не суждено было сбыться: указом Екатерины Второй все земляные работы в Кремле были запрещены.

К торжествам по случаю 300-летия дома Романовых (1913), в соборе были проделаны большие работы по реставрации и благоустройству, в частности, по рисунку великого князя Петра Николаевича была сооружена сень над гробницей царя Михаила Феодоровича с 2-я массивными лампадами. Император Николай Второй, прибыв в Кремль 24 мая 1913 года, прошёл в Архангельский собор и возжёг лампады.

В 1918 г. собор закрыли, в 1955 г. в нем устроили музей, а в 1970 г. подновили наружные стены.
С 1991 г. в нем проводят службы на престольный праздник храма (21 ноября) и на Радоницу (второй вторник после Пасхи).

ИНТЕРЕСНЫЕ ФАКТЫ.

3 марта 1893 г. алтарь Архангельского собора загорелся как раз за чудотворной иконой "Благодатное Небо" - образ Матери Божией ничуть не пострадал, как и сам алтарь и Святой престол.
5 августа 1977 г. Москву потряс диковинный случай: сразу три шаровые молнии в Кремле. Одна, опустившись на Ивановскую площадь, тут же разорвалась, другая исчезла в Тайницком саду, третья влетела в Архангельский собор.
Десятилетие спустя шаровая молния ударила прямо в Царские врата собора.